现有的“个人所得税管理系统”（以下简称管理系统）在各地普遍应用，包括税务端和企业端；其中税务端两处以上收入模块，在技术层面上加强了对个人两处以上工资薪金收入的管理，本文结合个税相关规定和管理系统说说两处以上收入个人所得税。
　　
　　首先简单说一下管理系统两处以上收入模块的工作原理：当企业在企业端中输入某员工基础信息和扣缴税款信息（全员全额扣缴个人所得税报告表），此时多处税务端管理系统以此员工身份证号关联其扣缴税款信息，因此当有两个不同的企业在各自企业端输入同一员工数据时，就会同时在两个主管税务机关税务端反映该员工收入和扣税信息。
　　
　　那么自然人两处以上工资薪金个人所得税有哪些相关规定，实务中应如何操作：
　　
　　一、谁来申报纳税：
　　
　　《个人所得税法》第八条规定：个人在两处以上取得工资、薪金所得和没有扣缴义务人的，纳税义务人应当自行申报纳税。《个人所得税法实施条例》第三十六条第二款规定：从中国境内二处或者二处以上取得工资、薪金所得的应当按照规定到主管税务机关办理纳税申报。
　　
　　二、如何计算税款：
　　
　　《个人所得税法实施条例》第三十九条规定：在中国境内二处或者二处以上取得税法第二条第一项、第二项、第三项所得的，同项所得合并计算纳税；所述第一项是指工资薪金所得，第二项是指个体工商户生产经营所得，第三项是指对企事业单位的承包经营所得；合并纳税是指纳税人在缴纳个人所得税时，同一项目两处收入要合计，且只能减除一次费用扣除标准;第三十八条：自行申报的纳税义务人，在申报纳税时，其在中国境内已扣缴的税款，准予按照规定从应纳税额中扣除。
　　
　　三、去哪交纳税款：
　　
　　《个人所得税自行纳税申报办法（试行）》国税发〔2006〕162号第十一条第一款：有从两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，选择并固定向其中一处单位所在地主管税务机关申报。
　　
　　四、如何履行申报：
　　
　　国税发〔2006〕162号第二十一条：纳税人可以采取数据电文、邮寄等方式申报，也可以直接到主管税务机关申报，或者采取符合主管税务机关规定的其他方式申报。关于《发布个人所得税申报表的公告》2013年21号:自然人纳税人取得两处及两处以上工资薪金所得，或者取得所得没有扣缴义务人的，或者其他情形，须办理自行纳税申报时，填报个人所得税基础信息表(B表)和《个人所得税自行纳税申报表（A表）》；申报期限为取得所得的次月15日之内。
　　
　　基于以上规定和管理系统，为了方便理解我们举例说明
　　
　　例：假如小李1月份在A公司每月取得工资6000元，初次在B公司取得工资2500元，2月份在A公司取得工资6000元，在B公司取得工资4000元；以上所得不包括个人负担的三险一金。
　　
　　①：1月份管理系统显示：
　　
　　小李在A公司扣缴的个人所得税=（6000-3500）×10%-105=145；
　　
　　在B公司扣缴的个人所得税=0（因没有超过免征额3500）；
　　
　　实务中正确操作：
　　
　　小李应缴纳个人所得税=（6000+2500-3500）×20%-555=445；
　　
　　应自行补缴个人所得税=445-145=300元；
　　
　　纳税地点：小李可选择并固定到A企业或B企业所在地主管税务机关申报纳税；
　　
　　申报表：以上所述“A表”和“B表”
　　
　　纳税期限：2月15号以前
　　
　　②：2月份管理系统显示：
　　
　　小李在A公司扣缴的个人所得税=（6000-3500）×10%-105=145；
　　
　　在B公司扣缴的个人所得税=（4000-3500）×3%=15；
　　
　　实务中正确操作：
　　
　　小李应缴纳个人所得税=（6000+4000-3500）×20%-555=745；
　　
　　应自行补缴个人所得税=745-145-15=585元；
　　
　　纳税地点：同上
　　
　　申报表：以上所述“A表”，此次无需再申报基础信息“B表”
　　
　　纳税期限：3月15号以前
　　
　　随着个人所得税管理系统及相应的技术的跟进，税务机关对两处以上收入的主动发现日益加强，这意味着有意逃避或者无意漏缴税款的涉税风险也相应提高，建议自然人纳税人在日常中应注意以下几点：
　　
　　一是与企业签订任职合同中约定离职后应立即删除个人基础信息，避免企业为了讨方便套用个人信息进行扣缴申报，造成管理系统中税务端两处以上记录；二是区分工资薪金所得与劳务报酬所得，二者大的区别是工资薪金存在任职受雇关系、签订劳动合同并交纳基本社会保险、接受企业的日常管理，是被包含的共同主体；而劳务报酬不存在上述情况，是与企业分立并存的并列关系。三是《深化国税、地税征管体制改革方案》中提到建立促进诚信纳税机制，个人存在两处以上收入时应及时自行申报纳税，否则影响纳税信用，从而影响消费、融资授信等。